Jak sprawdzić, która wersja pakietu jest załadowana W R?
Jestem w trakcie zastanawiania się, jak korzystać z mojego klastra uniwersyteckiego. Posiada zainstalowane 2 wersje R. System wide R 2.11 (Debian 6.0) i R 2.14.2 w niestandardowej lokalizacji.
[5]}próbuję używać MPI razem ze śniegiem. Kod, który próbuję uruchomić, jest następującylibrary(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()
Działa bez problemów na R 2.11. (Uruchamiam skrypt za pomocą mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R
). Teraz, gdy próbuję to zrobić z R 2.14.2, dostaję następujący komunikat:
Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:
Więc wygląda na to, że r ładuje pakiet wersja snow skompilowana dla R 2.11. Zainstalowałem snow pod R 2.14 w moim folderze domowym i dodałem następujące linie do kodu:
.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)
I wyjście przed błędem potwierdza, że rzeczywiście używam r 2.14.2 i mój folder r packages jest pierwszy w ścieżce wyszukiwania. Ale nadal Rozumiem błąd.
Więc moje pytanie brzmi jak określić, która wersja pakietu jest załadowana W R? Widzę z installed.packages
wszystkie pakiety, które są zainstalowane, więc może jest jakaś funkcja, która wyświetla podobne informacje dla załadowanych pakietów?
10 answers
Możesz użyć sessionInfo()
, aby to osiągnąć.
> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=C LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] graphics grDevices utils datasets stats grid methods base
other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0 reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.1-1 dichromat_1.2-4 digest_0.5.2 MASS_7.3-18 memoise_0.1 munsell_0.3
[7] proto_0.3-9.2 RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0 stringr_0.6
>
Jednak, zgodnie z komentarzami i odpowiedzią poniżej, są lepsze opcje
> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’
Lub:
"Rmpi" %in% loadedNamespaces()
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2016-01-27 11:35:58
Możesz użyć packageVersion
, aby zobaczyć, która wersja pakietu jest załadowana
> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’
Chociaż wygląda na to, że chcesz zobaczyć, jaką wersję R używasz, w takim przypadku sugestia @ Justin jest drogą
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2012-06-19 14:36:34
Możesz spróbować czegoś takiego:
package_version(R.version)
getRversion()
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2012-09-23 19:13:32
Aby sprawdzić wersję r wykonaj: R --version
Lub po znalezieniu się w powłoce r wydrukuj zawartość version$version.string
EDIT
Aby sprawdzić wersję zainstalowanych pakietów wykonaj następujące czynności.
Po załadowaniu biblioteki można wykonać sessionInfo ()
Ale aby poznać listę wszystkich zainstalowanych pakietów:
packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]
Lub aby wyodrębnić określoną wersję biblioteki, po wyodrębnieniu informacji za pomocą funkcji installed.package
Jak powyżej wystarczy użyć nazwy pakiet w pierwszym wymiarze matrycy.
packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]
Powyższe wyświetli wersje biblioteki RANN i biblioteki graficznej.
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2015-10-13 11:51:13
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2016-10-17 13:25:08
Technicznie rzecz biorąc, wszystkie odpowiedzi w tej chwili są błędne. packageVersion
nie zwraca wersji załadowanego pakietu. Przechodzi na dysk i pobiera stamtąd wersję pakietu.
W większości przypadków nie będzie to miało znaczenia, ale czasami tak. Z tego co wiem, jedynym sposobem na załadowanie wersji pakietu jest raczej hackish:
asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]
Gdzie pkg
jest nazwą pakietu.
EDIT: nie jestem pewien kiedy ta funkcja została dodana, ale możesz również użyć getNamespaceVersion
, to jest czystsze:
getNamespaceVersion(pkg)
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2016-11-16 14:56:53
Użyj metody R packageDescription
Aby uzyskać opis zainstalowanego pakietu, a dla wersji użyj $Version
jako:
packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version
[1] "1.1-6"
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2016-05-14 05:04:44
Użyj następującego kodu, aby uzyskać wersję pakietów r zainstalowanych w systemie:
installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2015-09-24 10:12:39
Bazując na poprzednich odpowiedziach, Oto prosty alternatywny sposób drukowania wersji R, po której następuje nazwa i wersja każdego pakietu załadowanego w przestrzeni nazw. Działa w Notatniku Jupyter, gdzie miałem problemy z uruchomieniem sessionInfo()
i R --version
.
print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}
Out:
[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2016-02-24 16:49:23
Search () może dać bardziej uproszczoną listę dołączonych pakietów w sesji (np. bez szczegółowych informacji podanych przez sessionInfo ())
Search {base} - R Documentation
Opis: podaje listę dołączonych pakietów. Szukaj()
search()
#[1] ".GlobalEnv" "package:Rfacebook" "package:httpuv"
#"package:rjson"
#[5] "package:httr" "package:bindrcpp" "package:forcats" #
#"package:stringr"
#[9] "package:dplyr" "package:purrr" "package:readr"
#"package:tidyr"
#[13] "package:tibble" "package:ggplot2" "package:tidyverse"
#"tools:rstudio"
#[17] "package:stats" "package:graphics" "package:grDevices"
#"package:utils"
#[21] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"
#"package:base"
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2018-01-13 17:15:32