Jak wybrać lustro CRAN w R

Oto co robię, czyli w zasadzie prosto ze strony example(Startup):

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

Który jest w ~/.Rprofile.

Edit: ponieważ jest teraz 2018, możemy dodać, że przez ostatnie kilka lat adres URL "https://cloud.r-project.org" był preferowany, ponieważ odzwierciedla a) dostęp https i b) CDN "zawsze blisko ciebie".

Jestem fanem:

chooseCRANmirror()

Który wyświetli listę serwerów lustrzanych na wyjściu (nie martwi się wyskakującym oknem, ponieważ uruchamiasz go z terminala), a następnie wpisujesz żądany numer.

Używam~/.RPROFILE rozwiązanie zaproponowane przez Dirka, ale chciałem tylko podkreślić, że

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

Wydaje się być rozsądną rzeczą do zrobienia zamiast

chooseCRANmirror(81)

, który może działać, ale który wiąże się z magiczną liczbą 81 (a może jest to subtelny sposób promowania turystyki do 81 = UK (Bristol): -))

Ekran Wyboru repozytorium nie może być wyświetlany w systemie (OS X), ponieważ OS X nie zawiera już X11. R próbuje pokazać znak zachęty przez X11. Install X11 from http://xquartz.macosforge.org/landing / . Następnie uruchom polecenie install. Zostanie wyświetlony monit wyboru repo.

Użyłem

chooseCRANmirror(81)

Wyświetla monit o wybranie kraju. Następnie możesz dokonać wyboru, wpisując podany tam kod lustrzany kraju.

Jeśli chcesz ustawić mirror w sposób nieinteraktywny (na przykład wykonując instalację rbundlera w skrypcie wdrażania), możesz to zrobić w ten sposób:

Najpierw uruchom ręcznie:

chooseCRANmirror()

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Gdzie 87 to numer lustra, którego chcesz użyć. Ten fragment instaluje również rbundle dla Ciebie. Możesz to pominąć, jeśli chcesz.

Powinno pojawić się rozwijane menu, z którego możesz wybrać (lub otrzymasz kilka liczb do wyboru), niezależnie od tego, czy używasz R w terminalu, czy IDE, takiego jak RStudio. Jest to obsługiwane w systemach Windows, Mac OS i większości systemów Linux. Może jednak wymagać dodatkowej konfiguracji lub zależności, takich jak X-windows.

Aby włączyć X-windows podczas korzystania z dostępu zdalnego, użyj następujących FLAG -XY:

ssh -XY [email protected]

Często występuje default repo, ale można to określić, jeśli masz jakiekolwiek problemy, takie jak uruchamianie skryptów lub Rmarkdown/knitr. Możesz użyć opset repo dla serwera lustrzanego lub repozytorium CRAN za każdym razem, gdy instalujesz:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

Zaleca się korzystanie z najbliższego serwera lustrzanego do Twojej lokalizacji w celu szybszego pobierania. Na przykład:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Możesz również ustawić opcję repos w swojej sesji, więc wystarczy ją tylko raz na sesję interaktywną (lub skrypt). Możesz sprawdzić, czy repos jest skonfigurowane za pomocą:

options(repos)

If you get "Error in options(repos) : object 'repos' not found" then you można ustawić opcję repozytorium. Na przykład:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Wtedy powinno działać Instalowanie pakietów jak zwykle. Na Przykład:

install.packages("RMySQL")

Jak wspomnieli inni, możesz skonfigurować repozytorium w swoim pliku .Rprofile i mieć to działanie we wszystkich swoich skryptach. Od Ciebie zależy, czy preferujesz te opcje " globalne "w systemie, czy opcje" lokalne " w sesji lub skrypcie. Te "lokalne" Opcje zajmują więcej czasu, aby korzystać z każdej sesji, ale mają tę zaletę, że inni mogą z niej korzystać Twoje Skrypty, jeśli nie mają twojego .Rprofile.

Możesz również wyłączyć wszystkie menu graficzne, uruchamiając to lub umieszczając je w swoim Rprofile

options(menu.graphics = FALSE)

Miałem, na macOS, dokładnie to, co mówisz: "proszę wybrać" monit i nic więcej.

Po otwarciu (i zaktualizowaniu; Nie wiem, czy to istotne) X-Quartz, a następnie ponownym uruchomieniu R i ponownym uruchomieniu, po kilku sekundach otrzymałem listę serwerów lustrzanych X-window do wyboru. Za trzecim razem było szybciej.

Dodaj do ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})