R install.packages returns "nie udało się utworzyć katalogu blokady"
Pojawia się ten błąd podczas pobierania pakietu Rcpp:
> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)
Installing package(s) into ‘/home/me/src/Rlibs’ (as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.10.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2380089 bytes (2.3 Mb)
...
Warning in dir.create(lockdir, recursive = TRUE) :
cannot create dir '/home', reason 'Permission denied'
ERROR: failed to create lock directory ‘/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp’
...
Ponieważ mój komputer znajduje się na klastrze komputerowym, próbowałem go na różnych węzłach i byłem ostrożny, aby usunąć pliki tymczasowe pobrane w /tmp. Dziwne jest to, że mam prawa pisać w /home / me/src/Rlibs/. Więc moje pytania to:
- Dlaczego R chce mieć prawa do pisania w / home, podczas gdy potrzebuje tylko praw do pisania w / home / me/?
- Jak mogę naprawić błąd?
> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=C LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.2
2 answers
Najlepszym sposobem uniknięcia tego jest użycie argumentu '--no-lock' w wierszu poleceń, np.
R CMD INSTALL --no-lock <pkg>
W systemach plików NFS czasami nie jest oczywiste, co trzeba zamknąć. Z poziomu R, możesz to zrobić z poziomu komendy używając:
install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2013-01-17 22:09:04
Dzieje się tak, gdy ostatnia instalacja pakietu została nieprawidłowo przerwana. aby to naprawić, należy usunąć zablokowany plik. Na przykład wykonaj to polecenie w konsoli R:
unlink("/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp", recursive = TRUE)
Mam nadzieję, że to pomoże!Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2018-05-06 10:47:57