Zmień domyślną ścieżkę biblioteki r używając.libPaths w Rprofile.strona nie działa

Właściwym rozwiązaniem jest ustawienie zmiennej środowiskowej R_LIBS_USER na wartość ścieżki pliku do pożądanego folderu biblioteki, zamiast uzyskiwania RStudio do rozpoznawania pliku RPROFILE.plik strony.

Aby ustawić zmienną środowiskową R_LIBS_USER w systemie Windows, przejdź do Panelu sterowania (Właściwości systemu - > zaawansowane właściwości systemu - > zmienne środowiskowe - > zmienne użytkownika) na żądaną wartość (ścieżkę do folderu biblioteki), np.

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages  

Jeśli z jakiegoś powodu nie masz dostępu do kontroli panel, możesz spróbować uruchomić rundll32 sysdm.cpl,EditEnvironmentVariables z linii poleceń w systemie Windows i dodać stamtąd zmienną środowiskową.

Ustawienie R_LIBS_USER zapewni, że biblioteka pojawi się jako pierwsza .libPaths() niezależnie od uruchomienia RStudio bezpośrednio lub klikając prawym przyciskiem myszy plik i "Otwórz", aby uruchomić RStudio.

Rozwiązanie Rprofile może działać, jeśli RStudio jest zawsze uruchamiane przez kliknięcie skrótu RStudio. W tym przypadku ustawienie domyślnego katalogu roboczego na katalog, w którym znajduje się Twój Rprofile będzie wystarczający. Rozwiązanie Rprofile nie działa podczas klikania pliku, aby uruchomić RStudio, ponieważ zmienia to katalog roboczy z dala od domyślnego katalogu roboczego.

Udało mi się rozwiązać problem umieszczając kod w pliku .Rprofile w domyślnym katalogu roboczym.

Najpierw znalazłem lokalizację domyślnego katalogu roboczego

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

Potem użyłem edytora tekstu do napisania prostego pliku .Rprofile z następującą linijką

.libPaths("C:/software/Rpackages")

Wreszcie, kiedy uruchamiam R i uruchamiam .libPaths() otrzymuję pożądane wyjście:

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

Https://superuser.com/questions/749283/change-rstudio-library-path-at-home-directory

Edit ~/.Renviron

R_LIBS_USER=/some/path

Znalazłem to, co myślę jest rozwiązaniem tutaj (dziękuję Carl Schwarz na SFU) za dodanie osobistej biblioteki, która jest na stałe (nie musisz definiować jej każdej sesji) rozpoznawane czy za pomocą R lub Rstudio, i RStudio traktuje to jako domyślne na moim komputerze Mac. Nie widziałem tego wyraźnie NA SO, więc podsumowałem kroki, które podali, Dla Windows, a następnie Dla Mac.

Dla systemu operacyjnego Windows 7:

1. Utwórz katalog na dysku, w którym chcesz mieć własną bibliotekę, np. C:\User\Rlibs (lub inny, do którego masz uprawnienia)

2. Wyszukaj/przejdź do "edytuj zmienną środowiskową dla swojego konta" w pasku wyszukiwania Windows, aby edytować ustawienia panelu sterowania

3. Kliknij " Nowy..."w środku okna" zmienne środowiskowe "

4. W oknie" Nowa zmienna użytkownika " wpisz R_LIBS dla "Nazwa zmiennej" i ścieżkę do utworzonego osobistego katalogu biblioteki, np. C:\User\Rlibs

5. Kliknij OK i zobaczysz parę zmienna / wartość w oknie zmienne użytkownika

6. Kliknij ponownie OK

Teraz po uruchomieniu R (lub Rstudio) i wpisaniu polecenia .libPaths() powinieneś zobaczyć bibliotekę osobistą, którą utworzyłeś, jak również bibliotekę systemową R.

Dla Mac:

1. W katalogu" Home "lub" username " utwórz folder o nazwie Rlibs

2. Uruchom Aplikacja terminala

3. Type: echo "R_LIBS=~/Rlibs"> .Renvrion Upewnij się, że wielkość liter pasuje.

4. Wpisz ls -a, aby zobaczyć pełną listę plików w katalogu, która powinna teraz zawierać .Renvrion

5. Sprawdź, czy .Plik Renviron {[27] } został poprawnie ustawiony: more .Renviron

Uruchom R / Rstudio i wpisz {[0] } i powinieneś zobaczyć nową ścieżkę do swojej osobistej biblioteki.

Jeśli nie masz uprawnień administratora, pomocne może być również otwarcie Rprofile.site - pliku znajdującego się w \r-3.1.0 \ etc i dodanie:

.First <- function(){
  .libPaths("your path here")
}

To ewaluuje polecenie .libPath() bezpośrednio przy starcie

Miałem problemy ze zrozumieniem tego. gorkypl podał poprawne rozwiązanie powyżej, gdy ostatnio ponownie zainstalowałem mój OS & Rstudio, ale tym razem ustawienie mojej zmiennej środowiskowej nie rozwiązało.

Odinstalowałem zarówno R jak i Rstudio, tworząc katalogi C:\R i C:\Rstudio następnie ponownie zainstalowane oba.

Zdefiniuj zmienną użytkownika R_LIBS_USER do preferowanego katalogu (zgodnie z odpowiedzią gorkypla) i uruchom ponownie komputer, aby załadować zmienną użytkownika. Otwórz Rstudio, błędy powinny być zniknął.

Możesz również użyć Sys.setenv(), aby zmodyfikować r_libs_user do Ścieżki alternatywnej biblioteki, co jest łatwiejsze i nie wymaga ponownego uruchamiania komputera.

Aby zobaczyć, na co jest ustawione R_LIBS_USER: ?Sys.getenv()

Czytanie help(Startup) jest przydatne.

Po prostu zmień domyślny folder dla swoich bibliotek R w katalogu bez uprawnień administratora, np.

.libPaths("C:/R/libs")

Jeśli domyślna biblioteka pakietów została zmieniona po zainstalowaniu nowej wersji R lub w jakikolwiek inny sposób, możesz dołączyć obie biblioteki do użycia wszystkich pakietów za pomocą poniższych poleceń. Pobranie istniejącej ścieżki biblioteki:

.libPaths()

Teraz ustaw istniejącą i starą ścieżkę:

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

Czytam readme. W tym wspomnieli o użyciu .libPaths () w wierszu poleceń, aby sprawdzić, które ścieżki tam są. Miałem wcześniej 2 ścieżki biblioteczne. Kiedy użyłem polecenia .libpath ("C:/Program Files / R / R-3.2.4 revised / library") tam, gdzie chciałem, zmienił ścieżkę do biblioteki. Kiedy pisałem .libPaths () w wierszu poleceń ponownie pokazała mi poprawną ścieżkę. Mam nadzieję, że to pomoże

W Ubuntu, zalecanym sposobem zmiany domyślnej ścieżki biblioteki dla użytkownika jest ustawienie zmiennej R_LIBS_USER w pliku ~/.Renviron.

touch ~/.Renviron
echo "R_LIBS_USER=/custom/path/in/absolute/form" >> ~/.Renviron

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

Skopiuj powyższy link z podwójnym odwróconym przecinkiem

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

Domyślna ścieżka zostanie zmieniona podczas instalowania pakietów

Jeśli chcesz zmienić ścieżkę biblioteki na stałe (bez wywołania .libPath() za każdym razem, gdy wchodzi w r, działa to dla mnie:

1. Twórz .Rprofile w katalogu domowym. (~/.Rprofile)

2. Typ .libPaths(c( .libPaths(), "your new path" )) do środka .Plik Rprofile, Zapisz.

3. Otwórz R (dowolny katalog) i sprawdź, po prostu wpisz .libPaths(), Możesz znaleźć ścieżkę libaray jest zaktualizowany!

Ponieważ większość odpowiedzi tutaj są związane z Windows i Mac OS, (i biorąc pod uwagę, że ja również borykał się z tym) postanowiłem opublikować proces, który pomógł mi rozwiązać ten problem w mojej konfiguracji Arch Linux .

Krok 1:

• wykonaj globalne przeszukiwanie systemu (np. ANGRYSearch ) pod kątem terminu Renviron (który jest plikiem konfiguracyjnym, w którym ustawione są ustawienia bibliotek użytkownika).
• powinien zwrócić tylko dwa wyniki w following directory paths:
  
  1. /etc/R/
     
  2. /usr/lib/R/etc/
     Uwaga: pliki konfiguracyjne Renviron przechowywane na 1 i 2 (powyżej) są ze sobą połączone na gorąco (co oznacza, że zmiany wprowadzone w jednym pliku zostaną automatycznie zastosowane [ w tej samej formie / strukturze ] do drugiego pliku, gdy edytowany plik zostanie zapisany - [ potrzebne są również prawa sudo do zapisania pliku po edycji]) .

Krok 2:

• przejdź do pierwszą ścieżkę katalogu (/etc/R/) i otworzyć plik Renviron w ulubionym edytorze tekstu.
• po wejściu do pliku Renviron wyszukaj znacznik R_LIBS_USER i zaktualizuj tekst w sekcji nawiasy klamrowe do wybranej ścieżki katalogu.
  
  przykład:
  ... zmiana z ( oryginalny wpis ):
  R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0'}
  ... Zmień na ( Twój pożądany wpis ):
  R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Apps/R/rUserLibs'}
  

Krok 3:

• Zapisz plik Renviron, który właśnie edytowałeś ... zrobione !!

Przyglądałem się temu, ponieważ R miał problemy z instalacją w domyślnej lokalizacji i zamiast tego umieszczał pakiety w folderze tymczasowym. Okazało się, że jest to najnowsza aktualizacja Mcaffee Endpoint Security, która najwyraźniej ma problemy z R. możesz wyłączyć ochronę przed zagrożeniami podczas instalacji pakietów i będzie działać poprawnie.