Dlaczego moja grupa dplyr by & summarize nie działa poprawnie? (nazwa-kolizja z plyr)

Mam ramkę danych, która wygląda tak: 

#df
ID  DRUG FED  AUC0t  Tmax   Cmax
1    1     0   100     5      20
2    1     1   200     6      25
3    0     1   NA      2      30 
4    0     0   150     6      65

Ans tak dalej. Chcę podsumować niektóre statystyki dotyczące AUC, Tmax i Cmax według leku DRUG i statusu FED FED. Używam dplyr. Na przykład: dla AUC: 

CI90lo <- function(x) quantile(x, probs=0.05, na.rm=TRUE)
CI90hi <- function(x) quantile(x, probs=0.95, na.rm=TRUE)  

summary <- df %>%
             group_by(DRUG,FED) %>%
             summarize(mean=mean(AUC0t, na.rm=TRUE), 
                                 low = CI90lo(AUC0t), 
                                 high= CI90hi(AUC0t),
                                 min=min(AUC0t, na.rm=TRUE),
                                 max=max(AUC0t,na.rm=TRUE), 
                                 sd= sd(AUC0t, na.rm=TRUE))

Jednak produkcja nie jest pogrupowana według narkotyków i pożywienia. Daje tylko jeden wiersz zawierający statystyki wszystkich przez nie fasetowane na narkotyki i karmione.

Wiesz dlaczego? i jak Mogę sprawić, że zrobi to, co należy?
Author: smci, 2014-11-14
Source

3 answers

Wierzę, że załadowałeś plyr po dplyr , dlatego otrzymujesz podsumowanie ogólne zamiast podsumowania grupowego.

Tak się dzieje zplyr załadowanym jako ostatni.

library(dplyr)
library(plyr)
df %>%
      group_by(DRUG,FED) %>%
      summarize(mean=mean(AUC0t, na.rm=TRUE), 
                low = CI90lo(AUC0t), 
                 high= CI90hi(AUC0t),
                 min=min(AUC0t, na.rm=TRUE),
                 max=max(AUC0t,na.rm=TRUE), 
                 sd= sd(AUC0t, na.rm=TRUE))

  mean low high min max sd
1  150 105  195 100 200 50

Teraz usuń plyr i spróbuj jeszcze raz, a otrzymasz pogrupowane podsumowanie.

detach(package:plyr)
df %>%
      group_by(DRUG,FED) %>%
      summarize(mean=mean(AUC0t, na.rm=TRUE), 
                low = CI90lo(AUC0t), 
                 high= CI90hi(AUC0t),
                 min=min(AUC0t, na.rm=TRUE),
                 max=max(AUC0t,na.rm=TRUE), 
                 sd= sd(AUC0t, na.rm=TRUE))

Source: local data frame [4 x 8]
Groups: DRUG

  DRUG FED mean low high min max  sd
1    0   0  150 150  150 150 150 NaN
2    0   1  NaN  NA   NA  NA  NA NaN
3    1   0  100 100  100 100 100 NaN
4    1   1  200 200  200 200 200 NaN
 75
Author: aosmith,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2014-11-14 15:15:39

Wariant odpowiedzi aosmith, który może pomóc niektórym ludziom. Bezpośrednie R wywołanie funkcji dplyr bezpośrednio. Dobra sztuczka, gdy jedna paczka zakłóca drugą. 

df %>%
      dplyr::group_by(DRUG,FED) %>%
      dplyr::summarize(mean=mean(AUC0t, na.rm=TRUE), 
                low = CI90lo(AUC0t), 
                 high= CI90hi(AUC0t),
                 min=min(AUC0t, na.rm=TRUE),
                 max=max(AUC0t,na.rm=TRUE), 
                 sd= sd(AUC0t, na.rm=TRUE))
 9
Author: mmann1123,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2018-02-02 18:35:12

Lub możesz rozważyć użycie data.table 

library(data.table)
setDT(df)  # set the data frame as data table
df[, list(mean = mean(AUC0t, na.rm=TRUE),
          low = CI90lo(AUC0t), 
          high = CI90hi(AUC0t), 
          min = as.double(min(AUC0t, na.rm=TRUE)),
          max = as.double(max(AUC0t, na.rm=TRUE)), 
          sd = sd(AUC0t, na.rm=TRUE)),
   by=list(DRUG, FED)]

#    DRUG FED mean low high min  max sd
# 1:    1   0  100 100  100 100  100 NA
# 2:    1   1  200 200  200 200  200 NA
# 3:    0   1  NaN  NA   NA Inf -Inf NA
# 4:    0   0  150 150  150 150  150 NA
# Warning messages:
#   1: In min(AUC0t, na.rm = TRUE) :
#   no non-missing arguments to min; returning Inf
# 2: In max(AUC0t, na.rm = TRUE) :
#   no non-missing arguments to max; returning -Inf
 2
Author: KFB,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2014-11-14 06:49:31