Manipulowanie tytułami osi w ggpairs (GGally)
Używam poniższego kodu do wygenerowania poniższego wykresu.
# Setup
data(airquality)
# Device start
png(filename = "example.png", units = "cm", width = 20, height = 14, res = 300)
# Define chart
pairs.chrt <- ggpairs(airquality,
lower = list(continuous = "smooth"),
diag = list(continuous = "blank"),
upper = list(continuous = "blank")) +
theme(legend.position = "none",
panel.grid.major = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
axis.title.x = element_text(angle = 180, vjust = 1, color = "black"),
panel.border = element_rect(fill = NA))
# Device off and print
print(pairs.chrt)
dev.off()
Obecnie próbuję zmodyfikować wyświetlanie tytułów osi . W szczególności chciałbym, aby tytuły osi brzmiały:
- umieszczone w dalszej odległości od etykiet osi
- umieszczony pod kątem
Jako przykład chciałbym uzyskać tytuły axis podobne do tych Na zdjęciu poniżej (interesują mnie tylko etykiety axis, a nie reszta Wykres): pochodzi z: Geowizytor
Próbowałem dostosować składnię zmieniając axis.title.x
na inne wartości, ale nie daje to pożądanych rezultatów. Na przykład uruchamianie kodu z angle = 45
.
axis.title.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, color = "black"),
panel.border = element_rect(fill = NA))
Zwraca ten sam wykres. Byłem w stanie kontrolować etykiety osi, zmieniając na przykład axis.text.x
, ale nie mogę znaleźć odpowiedzi, jak kontrolować tytuły osi w tym wykresie. Każda pomoc będzie mile widziana.
3 answers
Krótka odpowiedź: nie wydaje się, aby był to elegancki lub łatwy sposób, ale oto obejście.
Pogrzebałem w kodzie źródłowym ggpairs
(w źródle ggally package source dostępnym w CRAN), aby zobaczyć, jak rzeczywiście rysowane są etykiety zmiennych. Istotną funkcją w ggpairs.R
jest print.ggpairs
. Okazuje się, że etykiety zmiennych nie są częścią obiektów ggplot
w każdej komórce macierzy wykresu - tzn. nie są tytułami osi, dlatego nie ma na nie wpływu użycie theme(axis.title.x = element_text(angle = 45)
lub podobne.
Są raczej rysowane jako adnotacje tekstowe za pomocą grid.text
(w pakiecie 'grid'
). grid.text
pobiera argumenty, w tym x, y, hjust, vjust, rot
(gdzie rot
jest kątem obrotu), a także rozmiar czcionki, rodzinę czcionek itp. używając gpar
(zobacz ?grid.text
), ale wygląda na to, że obecnie nie ma możliwości przeniesienia różnych wartości tych parametrów do print.ggpairs
-- są one ustawione na wartości domyślne.
Możesz obejść to, pozostawiając etykiety zmiennych puste na początku, a następnie dodając je na później z dostosowanym rozmieszczeniem, rotacją i stylizacją, z wykorzystaniem modyfikacji odpowiedniej części kodu print.ggpairs
. Wymyśliłem następującą modyfikację. (Nawiasem mówiąc, ponieważ oryginalny GGally
kod źródłowy został wydany na licencji GPL-3, tak samo jest z tą modyfikacją.)
customize.labels <- function(
plotObj,
varLabels = NULL, #vector of variable labels
titleLabel = NULL, #string for title
leftWidthProportion = 0.2, #if you changed these from default...
bottomHeightProportion = 0.1, #when calling print(plotObj),...
spacingProportion = 0.03, #then change them the same way here so labels will line up with plot matrix.
left.opts = NULL, #see pattern in left.opts.default
bottom.opts = NULL, #see pattern in bottom.opts.default
title.opts = NULL) { #see pattern in title.opts.default
require('grid')
vplayout <- function(x, y) {
viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y)
}
numCol <- length(plotObj$columns)
if (is.null(varLabels)) {
varLabels <- colnames(plotObj$data)
#default to using the column names of the data
} else if (length(varLabels) != numCol){
stop('Length of varLabels must be equal to the number of columns')
}
#set defaults for left margin label style
left.opts.default <- list(x=0,
y=0.5,
rot=90,
just=c('centre', 'centre'), #first gives horizontal justification, second gives vertical
gp=list(fontsize=get.gpar('fontsize')))
#set defaults for bottom margin label style
bottom.opts.default <- list(x=0,
y=0.5,
rot=0,
just=c('centre', 'centre'),#first gives horizontal justification, second gives vertical
gp=list(fontsize=get.gpar('fontsize')))
#set defaults for title text style
title.opts.default <- list(x = 0.5,
y = 1,
just = c(.5,1),
gp=list(fontsize=15))
#if opts not provided, go with defaults
if (is.null(left.opts)) {
left.opts <- left.opts.default
} else{
not.given <- names(left.opts.default)[!names(left.opts.default) %in%
names(left.opts)]
if (length(not.given)>0){
left.opts[not.given] <- left.opts.default[not.given]
}
}
if (is.null(bottom.opts)) {
bottom.opts <- bottom.opts.default
} else{
not.given <- names(bottom.opts.default)[!names(bottom.opts.default) %in%
names(bottom.opts)]
if (length(not.given)>0){
bottom.opts[not.given] <- bottom.opts.default[not.given]
}
}
if (is.null(title.opts)) {
title.opts <- title.opts.default
} else{
not.given <- names(title.opts.default)[!names(title.opts.default) %in%
names(title.opts)]
if (length(not.given)>0){
title.opts[not.given] <- title.opts.default[not.given]
}
}
showLabels <- TRUE
viewPortWidths <- c(leftWidthProportion,
1,
rep(c(spacingProportion,1),
numCol - 1))
viewPortHeights <- c(rep(c(1,
spacingProportion),
numCol - 1),
1,
bottomHeightProportion)
viewPortCount <- length(viewPortWidths)
if(!is.null(titleLabel)){
pushViewport(viewport(height = unit(1,"npc") - unit(.4,"lines")))
do.call('grid.text', c(title.opts[names(title.opts)!='gp'],
list(label=titleLabel,
gp=do.call('gpar',
title.opts[['gp']]))))
popViewport()
}
# viewport for Left Names
pushViewport(viewport(width=unit(1, "npc") - unit(2,"lines"),
height=unit(1, "npc") - unit(3, "lines")))
## new for axis spacingProportion
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
viewPortCount, viewPortCount,
widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights
)))
# Left Side
for(i in 1:numCol){
do.call('grid.text',
c(left.opts[names(left.opts)!='gp'],
list(label=varLabels[i],
vp = vplayout(as.numeric(i) * 2 - 1 ,1),
gp=do.call('gpar',
left.opts[['gp']]))))
}
popViewport()# layout
popViewport()# spacing
# viewport for Bottom Names
pushViewport(viewport(width=unit(1, "npc") - unit(3,"lines"),
height=unit(1, "npc") - unit(2, "lines")))
## new for axis spacing
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
viewPortCount, viewPortCount,
widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights)))
# Bottom Side
for(i in 1:numCol){
do.call('grid.text',
c(bottom.opts[names(bottom.opts)!='gp'],
list(label=varLabels[i],
vp = vplayout(2*numCol, 2*i),
gp=do.call('gpar',
bottom.opts[['gp']]))))
}
popViewport() #layout
popViewport() #spacing
}
A oto przykład wywołania tej funkcji:
require('data.table')
require('GGally')
require('grid')
fake.data <- data.table(test.1=rnorm(50), #make some fake data for demonstration
test.2=rnorm(50),
test.3=rnorm(50),
test.4=rnorm(50))
g <- ggpairs(data=fake.data,
columnLabels=rep('', ncol(fake.data)))
#Set columnLabels to a vector of blank column labels
#so that original variable labels will be blank.
print(g)
customize.labels(plotObj=g,
titleLabel = 'Test plot', #string for title
left.opts = list(x=-0.5, #moves farther to the left, away from vertical axis
y=0.5, #centered with respect to vertical axis
just=c('center', 'center'),
rot=90,
gp=list(col='red',
fontface='italic',
fontsize=12)),
bottom.opts = list(x=0.5,
y=0,
rot=45, #angle the text at 45 degrees
just=c('center', 'top'),
gp=list(col='red',
fontface='bold',
fontsize=10)),
title.opts = list(gp=list(col='green',
fontface='bold.italic'))
)
(to sprawia, że niektóre bardzo brzydkie etykiety - tylko w celu demonstracji!)
Nie majstrowałem z umieszczeniem etykiety gdzieś indziej niż lewa i dolna -- jak w Twoim geowizualistycznym przykładzie -- ale myślę, że zrobiłbyś to zmieniając argumenty na vplayout
w" lewa strona "i" dolna strona " części kodu w customize.labels
. Współrzędne x
i y
w grid.text
są zdefiniowane względem widoku, który dzieli obszar wyświetlania na siatkę w
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(
viewPortCount, viewPortCount,
widths = viewPortWidths, heights = viewPortHeights
)))
Wywołanie vplayout
określa, która komórka siatki jest używana do pozycjonowania każdej etykiety.
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2015-03-26 21:54:43
Zastrzeżenie: nie pełna odpowiedź, ale może sugeruje sposób, aby do niej podejść. Można to zrobić edytując obiekty grid
.
# Plot in current window
# use left to add space at y axis and bottom for below xaxis
# see ?print.ggpairs
print(pairs.chrt, left = 1, bottom = 1)
# Get list of grobs in current window and extract the axis labels
# note if you add a title this will add another text grob,
# so you will need to tweak this so not to extract it
g <- grid.ls(print=FALSE)
idx <- g$name[grep("text", g$name)]
# Rotate yaxis labels
# change the rot value to the angle you want
for(i in idx[1:6]) {
grid.edit(gPath(i), rot=0, hjust=0.25, gp = gpar(col="red"))
}
# Remove extra ones if you want
n <- ncol(airquality)
lapply(idx[c(1, 2*n)], grid.remove)
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2015-03-29 16:42:54
Moja odpowiedź nie naprawi problemu z diagonalną etykietą, ale naprawi problem z nakładką.
Miałem taki problem z raportem, który obecnie piszę, gdzie tytuły osi były zawsze nad osiami, szczególnie w ggpairs. Użyłem kombinacji regulacji wyjścia.wysokość / wys.szerokość w połączeniu z rys.wysokość / rys.szerokość. Osobno problem nie został rozwiązany, ale razem tak było. rys.wysokość / rys.szerokość oderwała etykiety od osi, ale sprawiła, że były zbyt małe, aby je odczytać i wyciągnąć.wysokość / wys.szerokość po prostu powiększył fabułę z problemem bez zmian. Poniżej przedstawiono wyniki:
out.height="400px", out.width="400px",fig.height=10,fig.width=10
Przed: fabuła z problemami
Po:
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2017-04-12 06:27:22