Użycie opcji qsub-v jest właściwym sposobem:

qsub -v par_name=par_value[,par_name=par_value...] script.sh

Par_name może być użyta jako zmienna w skrypcie powłoki.

Oprócz odpowiedzi Volka, aby odwołać się do zmiennych na liście (oznaczonych przez-v), po prostu używasz nazwy zdefiniowanej w wywołaniu. Tak więc, powiedzmy, że wykonałeś połączenie do qsub w następujący sposób

qsub -v foo='qux' myRunScript.sh

Wtedy myRunScript.sh może wyglądać mniej więcej tak:

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=16,walltime=0:00:59
#PBS -l mem=62000mb
#PBS -m abe

bar=${foo}
echo "${bar}"

Gdzie wyjście byłoby

qux

Jest lepszy sposób...

Jestem naprawdę zaskoczony, jak długo to pytanie trwało bez dobrej odpowiedzi. Możliwe, że nie została określona konkretna wersja qsub. qsub istnieje przynajmniej w momencie obrotowym, a także w silniku słonecznym, być może w innych układach. Więc ważne jest, aby wiedzieć, którego używasz. Opowiem o kilku tutaj:

Moment obrotowy: qsub -F <arguments> command

Strona Man
Oto przykład, jak zwykle go używam. Zaczynając od tego przykładowego skryptu, który tylko echa wszelkie argumenty przekazane do niego:

$ cat testArgs.pbs
#!/usr/bin/env bash

echo $@

Chciałbym zgłosić pracę w ten sposób:

$ qsub -F "--here are the --args" testArgs.pbs
3883919.pnap-mgt1.cm.cluster

I tak wygląda plik wyjściowy po uruchomieniu:

$ cat testArgs.pbs.o3883919
--here are the --args

Sun Grid Engine: qsub command [ command_args ]

Strona Man
Po prostu dodajesz argumenty za poleceniem, tak samo jak podczas wykonywania w powłoce. Nigdzie nie mam SGE, więc nie ma przykładu dla tego. Ale tak samo jest z Slurm, który jest poniżej

Slurm: sbatch command [ command_args ]

Strona Man
Tutaj zamieszczam ten sam skrypt, którego użyłem z powyższym przykładem:

$ sbatch testArgs.sh what the heck
Submitted batch job 104331

I wyniki:

$ cat slurm-104331.out
what the heck

Eksportowanie zmiennych środowiskowych != przekazywanie argumentów

Eksportowanie zmiennych środowiskowych bardzo różni się od przekazywania argumentów do polecenia.
oto dobra dyskusja na temat różnic.

Odpowiedzi qsub przede wszystkim polecają -v. Żeby było jasne, -v eksportuje środowisko zmienne, -F przekazuje argumenty do polecenia.

Ogólnie wolę parametryzować moje Skrypty, pozwalając na argumenty. W rzeczywistości, powiedziałbym, że o wiele bardziej powszechne jest używanie skryptów takich jak ten process_data.sh --threads 8 niż robienie czegoś takiego jak export THREADS=8; process_data.sh.