Dodanie równania linii regresji i R2 na wykresie

Zmieniłem kilka linijek Źródła stat_smooth i powiązanych funkcji, aby stworzyć nową funkcję, która dodaje równanie dopasowania i wartość R do kwadratu. To będzie działać na powierzchniach zbyt!

library(devtools)
source_gist("524eade46135f6348140")
df = data.frame(x = c(1:100))
df$y = 2 + 5 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
df$class = rep(1:2,50)
ggplot(data = df, aes(x = x, y = y, label=y)) +
  stat_smooth_func(geom="text",method="lm",hjust=0,parse=TRUE) +
  geom_smooth(method="lm",se=FALSE) +
  geom_point() + facet_wrap(~class)

Użyłem kodu w odpowiedzi @ Ramnath do sformatowania równania. Funkcja stat_smooth_func nie jest zbyt solidna, ale nie powinno być trudno się nią bawić.

Https://gist.github.com/kdauria/524eade46135f6348140 . spróbuj zaktualizować ggplot2, Jeśli pojawi się błąd.

Zmodyfikowałem post Ramnatha na a) bardziej ogólny, aby akceptował model liniowy jako parametr, a nie ramkę danych i B) wyświetla negatywy bardziej odpowiednio.

lm_eqn = function(m) {

  l <- list(a = format(coef(m)[1], digits = 2),
      b = format(abs(coef(m)[2]), digits = 2),
      r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3));

  if (coef(m)[2] >= 0)  {
    eq <- substitute(italic(y) == a + b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,l)
  } else {
    eq <- substitute(italic(y) == a - b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,l)    
  }

  as.character(as.expression(eq));                 
}

Użycie zmieni się na:

p1 = p + geom_text(aes(x = 25, y = 300, label = lm_eqn(lm(y ~ x, df))), parse = TRUE)

Dodałem statystyki stat_poly_eq() do mojego pakietu ggpmisc to pozwala na taką odpowiedź:

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
df <- data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
my.formula <- y ~ x
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula, 
                aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "~~~")), 
                parse = TRUE) +         
   geom_point()
p

Ta statystyka działa z dowolnym wielomianem bez brakujących terminów i miejmy nadzieję, że ma wystarczającą elastyczność, aby być ogólnie użytecznym. Etykiety R^2 lub adjusted R^2 mogą być używane z dowolnym wzorem modelu wyposażonym w lm (). Jako statystyka ggplot zachowuje się zgodnie z oczekiwaniami zarówno z grupami, jak i aspektami.

Pakiet "ggpmisc" jest dostępny poprzez CRAN.

Wersja 0.2.6 została właśnie przyjęta do CRAN.

Odnosi się do komentarzy @ shabbychef i @MYaseen208.

@MYaseen208 to pokazuje jak dodać kapelusz .

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
df <- data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
my.formula <- y ~ x
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula,
                eq.with.lhs = "italic(hat(y))~`=`~",
                aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "~~~")), 
                parse = TRUE) +         
   geom_point()
p

@ shabbychef teraz możliwe jest dopasowanie zmiennych w równaniu do tych używanych dla etykiet osi. Aby zastąpić x przez Z i y przez h należy użyć:

p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula,
                eq.with.lhs = "italic(h)~`=`~",
                eq.x.rhs = "~italic(z)",
                aes(label = ..eq.label..), 
                parse = TRUE) + 
   labs(x = expression(italic(z)), y = expression(italic(h))) +          
   geom_point()
p

Bycie te normalne wyrażenia r parsowane mogą być teraz również używane zarówno w LHS, jak i rhs równania.

[2017-03-08] @ elarry Edytuj, aby dokładniej odpowiedzieć na pierwotne pytanie, pokazując, jak dodać przecinek między etykietami równania i R2.

p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
  stat_poly_eq(formula = my.formula,
               eq.with.lhs = "italic(hat(y))~`=`~",
               aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "*plain(\",\")~")), 
               parse = TRUE) +         
  geom_point()
p

Really love @ Ramnath solution. Aby umożliwić użycie do dostosowania formuły regresji (zamiast stałej jako y i x jako literalne nazwy zmiennych), a także dodać wartość p do wydruku (jak skomentował @ Jerry T), oto mod:

lm_eqn <- function(df, y, x){
    formula = as.formula(sprintf('%s ~ %s', y, x))
    m <- lm(formula, data=df);
    # formating the values into a summary string to print out
    # ~ give some space, but equal size and comma need to be quoted
    eq <- substitute(italic(target) == a + b %.% italic(input)*","~~italic(r)^2~"="~r2*","~~p~"="~italic(pvalue), 
         list(target = y,
              input = x,
              a = format(as.vector(coef(m)[1]), digits = 2), 
              b = format(as.vector(coef(m)[2]), digits = 2), 
             r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3),
             # getting the pvalue is painful
             pvalue = format(summary(m)$coefficients[2,'Pr(>|t|)'], digits=1)
            )
          )
    as.character(as.expression(eq));                 
}

geom_point() +
  ggrepel::geom_text_repel(label=rownames(mtcars)) +
  geom_text(x=3,y=300,label=lm_eqn(mtcars, 'hp','wt'),color='red',parse=T) +
  geom_smooth(method='lm')

Niestety, to nie działa z facet_wrap lub facet_grid.