Jak zarządzać wieloma lokalizacjami pakietów (folderami) w R?

Istnieje wiele opcji na to. Pierwszą rzeczą, jaką zrobiłem, było dostosowanie mojego Rprofile.witryna zawiera następującą linię, dzięki czemu moja domyślna ścieżka biblioteczna jest katalogiem nieuwzględnionym w mojej instalacji R.

 .libPaths(c("D:/R/Library",.libPaths()))

To sprawia, że D:/R/Library jest moją domyślną ścieżką bez utraty pozostałych ścieżek. Możesz dodać do niej dwie ścieżki, np. D:/R/Library/Work i D:/R/Library/Test. Ta, która znajduje się na pierwszej pozycji, jest domyślną używaną, jeśli nie podasz lib w install.packages().

Wtedy możesz przypisać dwie zmienne w swoim .Rprofile.miejscu. Te są przypisane w podstawowej przestrzeni nazw, a więc zawsze dostępne i nie usuwane przez LS (). Coś jak

 .libwork <- 'D:/R/Library/Work'
 .libtest <- 'D:/R/Library/Test'

Który pozwala na zainstalowanie pakietów takich jak:

 install.packages('aPackage',lib=.libwork)

Są też inne opcje, ale tak bym się kręcił.

Powinieneś być w stanie określić kilka ścieżek/drzew bibliotek za pomocą oddzielonej dwukropkami listy ścieżek w zmiennej środowiskowej R_LIBS. Na R 2.13.1-patched nie mogłem tego zrobić niezawodnie - zajmuje tylko pierwszy wpis. Mam R_LIBS i R_LIBS_USER pracować niezawodnie na moim systemie - normalnie ustawiam tylko ten pierwszy.

.libPaths() może dodawać nowe ścieżki do zestawu wyszukiwanych drzew bibliotek. Po prostu dodałbym odpowiednie wywołania do .libPaths(new) w moim .Rprofile, Aby dodać odpowiednie drzewa dla każdej sesji. Następnie możesz wybrać, gdzie zainstalować pakiety w czasie instalacji - tzn. którego drzewa użyć.

Aby odpowiedzieć, muszę podać trochę kontekstu.

Dla celów odtwarzalności, staram się skryptować rzeczy, w tym całą moją konfigurację R. Mam skrypt " inicjalizator.r", które, między innymi, instaluje Pakiety, a ja rozmieściłem pakiety w pakietach, takich jak te odnoszące się do buforowania, te odnoszące się do wizualizacji, próbkowania, statystyk przestrzennych itp. - moje własne poglądy, jeśli można.

Na przykład, oto fragment:

# Profiling & testing
Packages$CodingTools = c("codetools","debug", "profr","proftools","RUnit")

Łączę niektóre z pakiety do listy" głównych "pakietów (lub podstawowych), a inne do listy" drugorzędnych". Jestem pewien, że zainstaluję wszystko na podstawowej liście - są one potrzebne, aby mieć rozsądne środowisko R, aby używać własnych skryptów, funkcji i pakietów, itp. (Btw, niektóre pakiety są przypisane do wielu pakietów, ale tylko kilku; I de-dupe przed przetwarzaniem zagregowanej listy.)

Następnie określam domyślną bibliotekę specyficzną dla platformy i instaluję ją tam. Jednak ta możliwość jest rozszerzalna i ten pomysł można rozszerzyć o opcjonalne lokalizacje dla każdego pakietu (lub pakietu): po prostu Mapuj z nazwy pakietu, np. "CodingTools" do unikalnego katalogu (ścieżki biblioteki), powiedzmy "D:/R/Library/CodingTools". Można to zrobić w skrypcie inicjalizacji, z dopasowanymi listami i domyślnymi opcjami lub lokalizacje mogą być przechowywane w innym miejscu, takim jak tabela hash, JSON lub baza danych.

Jak mówili inni, domyślne ścieżki bibliotek muszą być przekazywane do R. można to zrobić w .RProfile.miejscu. W moim przypadku, mam inny skrypt, który jest używany do inicjalizacji wystąpienia R, jak chciałbym go. Staram się unikać zewnętrznych plików parametrów, które są odczytywane przez R (np.Rprofile), a zamiast tego wykonuj wszystkie inicjalizacje poprzez wywołania funkcji w moim własnym pakiecie (chociaż parametry są nadal zewnętrzne). Ułatwia mi to debugowanie i odtwarzanie mojej pracy. Tak więc moje ścieżki biblioteczne mogą być zawarte w tym samym rodzaju pliku JSON, w którym znajdują się moje Lokalizacje plików danych określone.

Osobiście chcę uciec od definiowania pakietów wewnątrz skryptu i zamiast tego używać JSON, ponieważ mogę łatwiej tworzyć różne pliki JSON dla różnych konfiguracji konfiguracji. Robię to już dla większości innych celów powtarzalnej pracy.