Jak narysować gradientową linię kolorów w matplotlib?

Aby wyrazić to w formie ogólnej, szukam sposobu na połączenie kilku punktów gradientową linią kolorystyczną za pomocą matplotlib , a nigdzie go nie znajdę. Mówiąc dokładniej, planuję losowy spacer 2D z jedną kolorową linią. Ale, ponieważ punkty mają odpowiednią sekwencję, chciałbym spojrzeć na wykres i zobaczyć, gdzie dane zostały przeniesione. Gradientowa kolorowa linia wystarczy. Lub linia o stopniowo zmieniającej się przezroczystości.

Staram się tylko poprawić wizualizacja moich danych. Zobacz ten piękny obrazek wyprodukowany przez pakiet ggplot2 R. tego samego Szukam w matplotlib. Dzięki.

Tutaj wpisz opis obrazka

Author: Community, 2011-12-14

5 answers

Ostatnio odpowiedziałem na pytanie z podobną prośbą (tworząc ponad 20 unikalnych kolorów legend przy użyciu matplotlib ). Tam pokazałem, że możesz odwzorować cykl kolorów, którego potrzebujesz, aby narysować linie na mapie kolorów. Możesz użyć tej samej procedury, aby uzyskać określony kolor dla każdej pary punktów.

Należy starannie wybrać kolorową mapę, ponieważ przejścia kolorów wzdłuż linii mogą wydawać się drastyczne, jeśli kolorowa mapa jest kolorowa.

Alternatywnie możesz zmienić Alfa każdego odcinka linii, w zakresie od 0 do 1.

W poniższym przykładzie kodu znajduje się procedura (highResPoints), która zwiększa liczbę punktów, które ma twój losowy spacer, ponieważ jeśli masz zbyt mało punktów, przejścia mogą wydawać się drastyczne. Ten fragment kodu został zainspirowany inną niedawną odpowiedzią, którą podałem: https://stackoverflow.com/a/8253729/717357

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

def highResPoints(x,y,factor=10):
    '''
    Take points listed in two vectors and return them at a higher
    resultion. Create at least factor*len(x) new points that include the
    original points and those spaced in between.

    Returns new x and y arrays as a tuple (x,y).
    '''

    # r is the distance spanned between pairs of points
    r = [0]
    for i in range(1,len(x)):
        dx = x[i]-x[i-1]
        dy = y[i]-y[i-1]
        r.append(np.sqrt(dx*dx+dy*dy))
    r = np.array(r)

    # rtot is a cumulative sum of r, it's used to save time
    rtot = []
    for i in range(len(r)):
        rtot.append(r[0:i].sum())
    rtot.append(r.sum())

    dr = rtot[-1]/(NPOINTS*RESFACT-1)
    xmod=[x[0]]
    ymod=[y[0]]
    rPos = 0 # current point on walk along data
    rcount = 1 
    while rPos < r.sum():
        x1,x2 = x[rcount-1],x[rcount]
        y1,y2 = y[rcount-1],y[rcount]
        dpos = rPos-rtot[rcount] 
        theta = np.arctan2((x2-x1),(y2-y1))
        rx = np.sin(theta)*dpos+x1
        ry = np.cos(theta)*dpos+y1
        xmod.append(rx)
        ymod.append(ry)
        rPos+=dr
        while rPos > rtot[rcount+1]:
            rPos = rtot[rcount+1]
            rcount+=1
            if rcount>rtot[-1]:
                break

    return xmod,ymod


#CONSTANTS
NPOINTS = 10
COLOR='blue'
RESFACT=10
MAP='winter' # choose carefully, or color transitions will not appear smoooth

# create random data
np.random.seed(101)
x = np.random.rand(NPOINTS)
y = np.random.rand(NPOINTS)

fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(221) # regular resolution color map
ax2 = fig.add_subplot(222) # regular resolution alpha
ax3 = fig.add_subplot(223) # high resolution color map
ax4 = fig.add_subplot(224) # high resolution alpha

# Choose a color map, loop through the colors, and assign them to the color 
# cycle. You need NPOINTS-1 colors, because you'll plot that many lines 
# between pairs. In other words, your line is not cyclic, so there's 
# no line from end to beginning
cm = plt.get_cmap(MAP)
ax1.set_color_cycle([cm(1.*i/(NPOINTS-1)) for i in range(NPOINTS-1)])
for i in range(NPOINTS-1):
    ax1.plot(x[i:i+2],y[i:i+2])


ax1.text(.05,1.05,'Reg. Res - Color Map')
ax1.set_ylim(0,1.2)

# same approach, but fixed color and 
# alpha is scale from 0 to 1 in NPOINTS steps
for i in range(NPOINTS-1):
    ax2.plot(x[i:i+2],y[i:i+2],alpha=float(i)/(NPOINTS-1),color=COLOR)

ax2.text(.05,1.05,'Reg. Res - alpha')
ax2.set_ylim(0,1.2)

# get higher resolution data
xHiRes,yHiRes = highResPoints(x,y,RESFACT)
npointsHiRes = len(xHiRes)

cm = plt.get_cmap(MAP)

ax3.set_color_cycle([cm(1.*i/(npointsHiRes-1)) 
                     for i in range(npointsHiRes-1)])


for i in range(npointsHiRes-1):
    ax3.plot(xHiRes[i:i+2],yHiRes[i:i+2])

ax3.text(.05,1.05,'Hi Res - Color Map')
ax3.set_ylim(0,1.2)

for i in range(npointsHiRes-1):
    ax4.plot(xHiRes[i:i+2],yHiRes[i:i+2],
             alpha=float(i)/(npointsHiRes-1),
             color=COLOR)
ax4.text(.05,1.05,'High Res - alpha')
ax4.set_ylim(0,1.2)



fig.savefig('gradColorLine.png')
plt.show()

Na rysunku przedstawiono cztery przypadki:

Tutaj wpisz opis obrazka

 21
Author: Yann,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2017-05-23 11:46:40

Zauważ, że jeśli masz wiele punktów, wywołanie plt.plot dla każdego odcinka linii może być dość powolne. Bardziej efektywne jest użycie obiektu LineCollection.

Za pomocą colorline przepis możesz wykonać:

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import matplotlib.collections as mcoll
import matplotlib.path as mpath

def colorline(
    x, y, z=None, cmap=plt.get_cmap('copper'), norm=plt.Normalize(0.0, 1.0),
        linewidth=3, alpha=1.0):
    """
    http://nbviewer.ipython.org/github/dpsanders/matplotlib-examples/blob/master/colorline.ipynb
    http://matplotlib.org/examples/pylab_examples/multicolored_line.html
    Plot a colored line with coordinates x and y
    Optionally specify colors in the array z
    Optionally specify a colormap, a norm function and a line width
    """

    # Default colors equally spaced on [0,1]:
    if z is None:
        z = np.linspace(0.0, 1.0, len(x))

    # Special case if a single number:
    if not hasattr(z, "__iter__"):  # to check for numerical input -- this is a hack
        z = np.array([z])

    z = np.asarray(z)

    segments = make_segments(x, y)
    lc = mcoll.LineCollection(segments, array=z, cmap=cmap, norm=norm,
                              linewidth=linewidth, alpha=alpha)

    ax = plt.gca()
    ax.add_collection(lc)

    return lc


def make_segments(x, y):
    """
    Create list of line segments from x and y coordinates, in the correct format
    for LineCollection: an array of the form numlines x (points per line) x 2 (x
    and y) array
    """

    points = np.array([x, y]).T.reshape(-1, 1, 2)
    segments = np.concatenate([points[:-1], points[1:]], axis=1)
    return segments

N = 10
np.random.seed(101)
x = np.random.rand(N)
y = np.random.rand(N)
fig, ax = plt.subplots()

path = mpath.Path(np.column_stack([x, y]))
verts = path.interpolated(steps=3).vertices
x, y = verts[:, 0], verts[:, 1]
z = np.linspace(0, 1, len(x))
colorline(x, y, z, cmap=plt.get_cmap('jet'), linewidth=2)

plt.show()

Tutaj wpisz opis obrazka

 16
Author: unutbu,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2014-09-19 20:23:04

Zbyt długi na komentarz, więc chciałem tylko potwierdzić, że LineCollection jest o wiele szybszy niż for-loop over line subsegments.

Metoda LineCollection jest o wiele szybsza w moich rękach.

# Setup
x = np.linspace(0,4*np.pi,1000)
y = np.sin(x)
MAP = 'cubehelix'
NPOINTS = len(x)

Przetestujemy iteracyjne kreślenie na podstawie powyższej metody LineCollection.

%%timeit -n1 -r1
# Using IPython notebook timing magics
fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(111) # regular resolution color map
cm = plt.get_cmap(MAP)
for i in range(10):
    ax1.set_color_cycle([cm(1.*i/(NPOINTS-1)) for i in range(NPOINTS-1)])
    for i in range(NPOINTS-1):
        plt.plot(x[i:i+2],y[i:i+2])

1 loops, best of 1: 13.4 s per loop

%%timeit -n1 -r1 
fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(111) # regular resolution color map
for i in range(10):
    colorline(x,y,cmap='cubehelix', linewidth=1)

1 loops, best of 1: 532 ms per loop

Upsampling linii dla lepszego gradientu kolorów, jak zapewnia aktualnie wybrana odpowiedź, jest nadal dobrym pomysłem, jeśli chcesz płynnego gradientu i mam tylko kilka punktów.

 5
Author: alexbw,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2014-11-28 16:39:00

Dodałem moje rozwiązanie używając pcolormesh Każdy segment linii jest rysowany za pomocą prostokąta, który interpoluje między kolorami na każdym końcu. Więc to naprawdę interpoluje kolor, ale musimy przejść grubość linii.

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

def colored_line(x, y, z=None, linewidth=1, MAP='jet'):
    # this uses pcolormesh to make interpolated rectangles
    xl = len(x)
    [xs, ys, zs] = [np.zeros((xl,2)), np.zeros((xl,2)), np.zeros((xl,2))]

    # z is the line length drawn or a list of vals to be plotted
    if z == None:
        z = [0]

    for i in range(xl-1):
        # make a vector to thicken our line points
        dx = x[i+1]-x[i]
        dy = y[i+1]-y[i]
        perp = np.array( [-dy, dx] )
        unit_perp = (perp/np.linalg.norm(perp))*linewidth

        # need to make 4 points for quadrilateral
        xs[i] = [x[i], x[i] + unit_perp[0] ]
        ys[i] = [y[i], y[i] + unit_perp[1] ]
        xs[i+1] = [x[i+1], x[i+1] + unit_perp[0] ]
        ys[i+1] = [y[i+1], y[i+1] + unit_perp[1] ]

        if len(z) == i+1:
            z.append(z[-1] + (dx**2+dy**2)**0.5)     
        # set z values
        zs[i] = [z[i], z[i] ] 
        zs[i+1] = [z[i+1], z[i+1] ]

    fig, ax = plt.subplots()
    cm = plt.get_cmap(MAP)
    ax.pcolormesh(xs, ys, zs, shading='gouraud', cmap=cm)
    plt.axis('scaled')
    plt.show()

# create random data
N = 10
np.random.seed(101)
x = np.random.rand(N)
y = np.random.rand(N)
colored_line(x, y, linewidth = .01)

Tutaj wpisz opis obrazka

 2
Author: spacether,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2014-12-18 02:55:22

Użyłem kodu @ alexbw, do wykreślenia paraboli. Działa bardzo dobrze. Jestem w stanie zmienić zestaw kolorów dla funkcji. Do obliczeń Zajęło mi to około 1min i 30sec. używałem Intela i5, grafiki 2gb, 8GB ram.

Kod jest następujący:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import cm
import matplotlib.collections as mcoll
import matplotlib.path as mpath

x = np.arange(-8, 4, 0.01)
y = 1 + 0.5 * x**2

MAP = 'jet'
NPOINTS = len(x)

fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(111) 
cm = plt.get_cmap(MAP)
for i in range(10):
    ax1.set_color_cycle([cm(1.0*i/(NPOINTS-1)) for i in range(NPOINTS-1)])
    for i in range(NPOINTS-1):
        plt.plot(x[i:i+2],y[i:i+2])

plt.title('Inner minimization', fontsize=25)
plt.xlabel(r'Friction torque $[Nm]$', fontsize=25)
plt.ylabel(r'Accelerations energy $[\frac{Nm}{s^2}]$', fontsize=25)
plt.show() # Show the figure

I wynik jest: https://i.stack.imgur.com/gL9DG.png

 0
Author: Djordje Vukcevic,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2018-03-20 00:09:47