Przekształć trzy kolumnową ramkę danych w matrycę (format" długi "na" szeroki")
Mam data.frame
, który wygląda tak.
x a 1
x b 2
x c 3
y a 3
y b 3
y c 2
Chcę to w postaci matrycy, więc mogę go nakarmić heatmap, aby stworzyć wykres. Wynik powinien wyglądać mniej więcej tak:
a b c
x 1 2 3
y 3 3 2
Próbowałem cast
z pakietu reshape i próbowałem napisać ręczną funkcję, aby to zrobić, ale wydaje się, że nie jestem w stanie zrobić tego dobrze.
4 answers
Jest na to wiele sposobów. Ta odpowiedź zaczyna się od moich ulubionych sposobów, ale także zbiera różne sposoby od odpowiedzi na podobne pytania rozsiane po tej stronie.
tmp <- data.frame(x=gl(2,3, labels=letters[24:25]),
y=gl(3,1,6, labels=letters[1:3]),
z=c(1,2,3,3,3,2))
Użycie reshape2:
library(reshape2)
acast(tmp, x~y, value.var="z")
Użycie indeksowania macierzy:
with(tmp, {
out <- matrix(nrow=nlevels(x), ncol=nlevels(y),
dimnames=list(levels(x), levels(y)))
out[cbind(x, y)] <- z
out
})
Używając xtabs
:
xtabs(z~x+y, data=tmp)
Możesz również użyć reshape
, jak sugerowano tutaj: Konwertuj tabelę na macierz według nazw kolumn , chociaż musisz potem wykonać małą manipulację, aby usunąć dodatkowe kolumny i uzyskać nazwy właściwe (Nie pokazane).
> reshape(tmp, idvar="x", timevar="y", direction="wide")
x z.a z.b z.c
1 x 1 2 3
4 y 3 3 2
Istnieje również sparseMatrix
w pakiecie Matrix
, Jak widać tutaj: R-konwersja dużej tabeli na macierz przez nazwy kolumn
> with(tmp, sparseMatrix(i = as.numeric(x), j=as.numeric(y), x=z,
+ dimnames=list(levels(x), levels(y))))
2 x 3 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
a b c
x 1 2 3
y 3 3 2
Można również użyć funkcji daply
z biblioteki plyr
, Jak tutaj: https://stackoverflow.com/a/7020101/210673
> library(plyr)
> daply(tmp, .(x, y), function(x) x$z)
y
x a b c
x 1 2 3
y 3 3 2
dcast
od reshape2 działa również, jak tutaj: przekształcanie danych dla wartości w jednej kolumnie , ale otrzymujesz dane.ramka z kolumną do x
wartość.
> dcast(tmp, x~y, value.var="z")
x a b c
1 x 1 2 3
2 y 3 3 2
Podobnie, spread
z "tidyr" również działałoby dla takiej transformacji:
library(tidyr)
spread(tmp, y, z)
# x a b c
# 1 x 1 2 3
# 2 y 3 3 2
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2017-05-23 11:54:50
Pytanie ma kilka lat, ale być może niektórzy ludzie nadal są zainteresowani alternatywnymi odpowiedziami.
Jeśli nie chcesz ładować żadnych pakietów, możesz użyć tej funkcji:
#' Converts three columns of a data.frame into a matrix -- e.g. to plot
#' the data via image() later on. Two of the columns form the row and
#' col dimensions of the matrix. The third column provides values for
#' the matrix.
#'
#' @param data data.frame: input data
#' @param rowtitle string: row-dimension; name of the column in data, which distinct values should be used as row names in the output matrix
#' @param coltitle string: col-dimension; name of the column in data, which distinct values should be used as column names in the output matrix
#' @param datatitle string: name of the column in data, which values should be filled into the output matrix
#' @param rowdecreasing logical: should the row names be in ascending (FALSE) or in descending (TRUE) order?
#' @param coldecreasing logical: should the col names be in ascending (FALSE) or in descending (TRUE) order?
#' @param default_value numeric: default value of matrix entries if no value exists in data.frame for the entries
#' @return matrix: matrix containing values of data[[datatitle]] with rownames data[[rowtitle]] and colnames data[coltitle]
#' @author Daniel Neumann
#' @date 2017-08-29
data.frame2matrix = function(data, rowtitle, coltitle, datatitle,
rowdecreasing = FALSE, coldecreasing = FALSE,
default_value = NA) {
# check, whether titles exist as columns names in the data.frame data
if ( (!(rowtitle%in%names(data)))
|| (!(coltitle%in%names(data)))
|| (!(datatitle%in%names(data))) ) {
stop('data.frame2matrix: bad row-, col-, or datatitle.')
}
# get number of rows in data
ndata = dim(data)[1]
# extract rownames and colnames for the matrix from the data.frame
rownames = sort(unique(data[[rowtitle]]), decreasing = rowdecreasing)
nrows = length(rownames)
colnames = sort(unique(data[[coltitle]]), decreasing = coldecreasing)
ncols = length(colnames)
# initialize the matrix
out_matrix = matrix(NA,
nrow = nrows, ncol = ncols,
dimnames=list(rownames, colnames))
# iterate rows of data
for (i1 in 1:ndata) {
# get matrix-row and matrix-column indices for the current data-row
iR = which(rownames==data[[rowtitle]][i1])
iC = which(colnames==data[[coltitle]][i1])
# throw an error if the matrix entry (iR,iC) is already filled.
if (!is.na(out_matrix[iR, iC])) stop('data.frame2matrix: double entry in data.frame')
out_matrix[iR, iC] = data[[datatitle]][i1]
}
# set empty matrix entries to the default value
out_matrix[is.na(out_matrix)] = default_value
# return matrix
return(out_matrix)
}
Jak to działa:
myData = as.data.frame(list('dim1'=c('x', 'x', 'x', 'y','y','y'),
'dim2'=c('a','b','c','a','b','c'),
'values'=c(1,2,3,3,3,2)))
myMatrix = data.frame2matrix(myData, 'dim1', 'dim2', 'values')
myMatrix
> a b c
> x 1 2 3
> y 3 3 2
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2017-08-29 18:29:16
Pakiet tidyr z tidyverse ma doskonałą funkcję, która to robi.
Zakładając, że Twoje zmienne mają nazwy v1, v2 i v3, od lewej do prawej, a ramka danych ma nazwę dat:
dat %>%
spread(key = v2,
value = v3)
Ta da!Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2018-08-12 19:38:19
Baza R, unstack
unstack(df, V3 ~ V2)
# a b c
# 1 1 2 3
# 2 3 3 2
To może nie być ogólne rozwiązanie, ale działa dobrze w tym przypadku.
Dane
df<-structure(list(V1 = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("x",
"y"), class = "factor"), V2 = structure(c(1L, 2L, 3L, 1L, 2L,
3L), .Label = c("a", "b", "c"), class = "factor"), V3 = c(1L,
2L, 3L, 3L, 3L, 2L)), .Names = c("V1", "V2", "V3"), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-6L))
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2018-10-05 20:11:50