Dopasowanie krzywej gęstości do histogramu w R

Czy istnieje funkcja w R, która pasuje do krzywej do histogramu?

Załóżmy, że masz następujący histogram 

hist(c(rep(65, times=5), rep(25, times=5), rep(35, times=10), rep(45, times=4)))
Wygląda normalnie, ale jest wypaczona. Chcę dopasować normalną krzywą, która jest przekrzywiona, aby owinąć ten histogram.

To pytanie jest raczej podstawowe, ale nie mogę znaleźć odpowiedzi na R w Internecie.

Author: Gregor Thomas, 2009-09-30
Source

5 answers

Jeśli dobrze rozumiem twoje pytanie, prawdopodobnie chcesz oszacować gęstość wraz z histogramem: 

X <- c(rep(65, times=5), rep(25, times=5), rep(35, times=10), rep(45, times=4))
hist(X, prob=TRUE)            # prob=TRUE for probabilities not counts
lines(density(X))             # add a density estimate with defaults
lines(density(X, adjust=2), lty="dotted")   # add another "smoother" density

Edit a long while later:

Oto nieco bardziej ubrana wersja: 

X <- c(rep(65, times=5), rep(25, times=5), rep(35, times=10), rep(45, times=4))
hist(X, prob=TRUE, col="grey")# prob=TRUE for probabilities not counts
lines(density(X), col="blue", lwd=2) # add a density estimate with defaults
lines(density(X, adjust=2), lty="dotted", col="darkgreen", lwd=2)

Wraz z wykresem, który tworzy:

Tutaj wpisz opis obrazka

 159
Author: Dirk Eddelbuettel,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2014-05-04 18:33:03

Takie rzeczy są łatwe z ggplot2 

library(ggplot2)
dataset <- data.frame(X = c(rep(65, times=5), rep(25, times=5), 
                            rep(35, times=10), rep(45, times=4)))
ggplot(dataset, aes(x = X)) + 
  geom_histogram(aes(y = ..density..)) + 
  geom_density()

Lub naśladować wynik rozwiązania Dirka 

ggplot(dataset, aes(x = X)) + 
  geom_histogram(aes(y = ..density..), binwidth = 5) + 
  geom_density()
 30
Author: Thierry,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2018-06-03 12:06:06

Oto Jak to robię: 

foo <- rnorm(100, mean=1, sd=2)
hist(foo, prob=TRUE)
curve(dnorm(x, mean=mean(foo), sd=sd(foo)), add=TRUE)

Dodatkowym ćwiczeniem jest zrobienie tego z pakietem ggplot2 ...

 29
Author: John Johnson,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2012-05-04 12:06:19

Dirk wyjaśnił, jak wykreślić funkcję gęstości na histogramie. Ale czasami możesz chcieć przejść z mocniejszym założeniem przekrzywionego rozkładu normalnego i wykreślić, że zamiast gęstości. Możesz oszacować parametry rozkładu i wykreślić go za pomocą pakietu sn : 

> sn.mle(y=c(rep(65, times=5), rep(25, times=5), rep(35, times=10), rep(45, times=4)))
$call
sn.mle(y = c(rep(65, times = 5), rep(25, times = 5), rep(35, 
    times = 10), rep(45, times = 4)))

$cp
    mean     s.d. skewness 
41.46228 12.47892  0.99527

Skew-normalny wykres danych rozproszonych

To prawdopodobnie działa lepiej na danych, które są bardziej Przekrzywione-normalne:

Kolejny skośny Wykres

 11
Author: fmark,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2017-05-23 12:26:26

Miałem ten sam problem, ale rozwiązanie Dirka nie zadziałało. Za każdym razem otrzymywałem ten Komunikat ostrzegawczy 

"prob" is not a graphical parameter

Przeczytałem ?hist i znalazłem około freq: a logical vector set TRUE by default.

Kod, który działał dla mnie to 

hist(x,freq=FALSE)
lines(density(x),na.rm=TRUE)
 3
Author: Matias Andina,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/doraprojects.net/template/agent.layouts/content.php on line 54
2019-02-17 16:44:35