bioinformatics
Ile miejsca będzie potrzebne do przechowywania ludzkiego genomu?
Szukam ilości pamięci w bajtach (MB, GB, TB itp.) wymagane do przechowywania pojedynczego ludzkiego genomu. Czytałem kilka ar ... zumiem, że będzie to przybliżenie, więc szukam minimalnej wartości, która byłaby w stanie przechowywać DNA każdego człowieka.
Jak wykreślić wykres genu dla sekwencji DNA powiedzmy ATGCCGCTGCGC?
Muszę wygenerować losowy spacer na podstawie sekwencji DNA wirusa, biorąc pod uwagę sekwencję par zasad 2k. Sekwencja wygląda ... a skręcić w prawo na A, w lewo na T, iść w górę na G i w dół na C.
Jak Mogę używać do tego celu Matlab, Mathematica lub SPSS?
Zachęcanie do dobrych praktyk rozwojowych dla nieprofesjonalnych programistów? [zamknięte]
W wolnym czasie współpracuję z wieloma naukowcami (głównie biologami), którzy opracowują oprogramowanie, bazy danych i inne n ... łość podniesie poprzeczkę dla standardów rozwoju, wszyscy na tym skorzystają.
Byłeś kiedyś w takiej sytuacji? Co ci pomogło?
Styl słownikowy zastąp wiele elementów
Mam duże dane.ramka danych znaków, które chcę przekonwertować na podstawie tego, co jest powszechnie nazywane słownikiem w in ... tąpić jedną pozycję w danych.rama.
Czy jest lepszy sposób, aby to zrobić, ponieważ mam słownik około 25 par klucz / wartość?
Clojure lub Scala dla bioinformatyki/biostatystyki /badań medycznych [zamknięty]
Nie jestem profesjonalnym programistą (moim obszarem są badania medyczne), ale jestem całkiem zdolny w C/C++ i różnych języka ... na krzywa uczenia się. Ponadto, jak model współbieżności tych dwóch porównuje się ze sobą?
Any znaczące zalety/wady ma ktoś?
Znajdowanie nakładania się w zakresach z R
Mam dwa dane.ramki każda z trzema kolumnami: chrom, start & stop, nazwijmy je rangesA i rangesB. Dla każdego wiersza ran ... i szybszy sposób na duże instancje rangesA i rangesB) sposób, aby to zrobić, niż zapętlenie tej konstrukcji. Jakieś pomysły?
Najlepszy sposób na organizację projektów bioinformatycznych? [zamknięte]
Pochodzę z informatyki. tło, ale teraz robię genomikę.
Moje projekty obejmują wiele bioinformatyki Zwykle obejmującej: wyrów ... ia i programy, które wybierzesz do wykonania, aby osiągnąć konkretny cel).
Jak zorganizować swoje projekty bioinformatyczne?
Dlaczego Perl jest tak szeroko stosowany w badaniach biologii? [zamknięte]
Pracuję jako personel pomocniczy w Instytucie Biologii jako student, a Perl wydaje się być używany wszędzie. Nie dla każdego ... ad połowa ludzi tutaj ma kilka książek Perla w / na swoim biurze / biurku.
Dlaczego Perl jest tak często używany w biologii?
Szybszy sposób dzielenia ciągu znaków i liczenia znaków za pomocą R?
Szukam szybszego sposobu na obliczenie zawartości GC dla łańcuchów DNA odczytanych z pliku FASTA. Sprowadza się to do wzięcia ... acter" 0.02 0.0 0.02 0.0
$sampling.time
[1] 100.74
Wszelkie rady do wykonania tego kodować szybciej?
Odwrotność odległości Hamminga
* jest to krótkie wprowadzenie, konkretne pytanie jest pogrubione w ostatnim akapicie.
Próbuję wygenerować wszystkie ciągi ... niejszą) odległością, a następnie używają ich do wyszukiwania w danym ciągu.
Mam nadzieję, że wyraziłem się jasno. Dziękuję.
Efektywne metody buforowania i skanowania dużych plików w Pythonie
Opis problemu, który mam, jest nieco skomplikowany i będę błądził po stronie dostarczania pełniejszych informacji. Dla niecie ... osunkowo mało czasu i pamięci w porównaniu do pozostałej części programu, więc zastosowałem to podejście. Dziękuję wszystkim!