dendrogram
jak rysować i opisywać dendrogramy hierarchicznego klastrowania w scipy/matplotlib
Używam dendrogram z scipy do wykreślenia hierarchicznego klastrowania za pomocą matplotlib w następujący sposób:
mat = arra ... laga jest ignorowana, czy istnieje sposób, aby włączyć ją tak, aby liczba obiektów w każdej klasie była wyświetlana? dzięki.
Jak mogę produkować takie działki?
Natknąłem się na ten rodzaj wykresu, który wykonuje hierarchiczne klastrowanie na danym zbiorze danych timeseries. Czy ktoś m ... mi powiedzieć jak rysować takie wątki?
Jestem otwarty na implementacje w R lub Javascript, szczególnie przy użyciu d3.js.
Jak wykreślić dendrogramy z dużymi zbiorami danych?
Używam pakietu ape (Analysis of Phylogenetics and Evolution) W R, który ma funkcję rysowania dendrogramów. Do odczytu danych ... em również mile widziany, aby znać każdy inny pakiet, funkcję lub narzędzie, które pomogą mi przezwyciężyć problem.
Dzięki.
dendrogram poziomy w R z etykietami
Próbuję narysować dendrogram z wyjścia funkcji hclust. Mam nadzieję, że dendrogram jest ułożony poziomo zamiast domyślnego, c ... "Ne" "Ne" "Ne" "Ne" "Ne" "No"
[34] "No" "Oh" "Ok" "Or" "Pe" "Rh" "So" "So" "Te" "Te" "Ut"
[45] "Ve" "Vi" "Wa" "We" "Wi" "Wy"
d3.js - jak automatycznie obliczać długości łuku w dendrogramie radialnym
Tworzymy zmodyfikowaną wersję hierarchicznego schematu wiązania krawędzi Mike ' a Bostocka:
Http://mbostock.github.com/d3/t ... nction(d){
if (value) this.parentNode.appendChild(this);
vis.select("#node-"+d[name].key).classed(name,value);
}
}
jak przekonwertować dane.ramka do obiektu struktury drzewa, np. dendrogram
Mam dane.obiekt ramki. Dla prostego przykładu:
> data.frame(x=c('A','A','B','B','B'), y=c('Ab','Ac','Ba', 'Ba','Bd'), z= ... | |---Ac---Acc
--| /--Bad
| |---Ba-------|
B---| \--Bae
|---Bb---Bdd
Drzewo/dendrogram ze złączami kolankowymi w d3
Jestem nowy w d3.js (i SVG w ogóle), a ja chcę zrobić coś prostego: drzewo/dendrogram z łącznikami kątowymi.
Oto przykład d3 ... biblioteki, ponieważ wiele przykładów d3, które widziałem, używa siły grawitacji do robienia Wykresów obiektów zamiast drzew.
Jak utworzyć klaster promieniowy, jak w poniższym przykładzie kodu w Pythonie?
Znalazłem kilka przykładów, jak stworzyć te dokładne hierarchie (przynajmniej tak mi się wydaje), jak poniżej stackoverflow. ... fig.savefig('test.png')
Ale zamiast drzewa-jak struktura, potrzebuję klastra promieniowego, jak na poniższych diagramach.
prezentacja klastra dendrogram Alternatywny w r
Wiem, że dendrogramy są dość popularne. Jeśli jednak jest dość duża liczba obserwacji i klas, trudno je śledzić. Jednak czasa ... a linią, natomiast gromady sperate (zakładany próg) są kolor i rozmiar okręgu jest określany przez wartość pewnej zmiennej.
Jak porównać "podobieństwo" dwóch dendrogramów (w R)?
Mam dwa dendrogramy, które chciałbym porównać ze sobą, aby dowiedzieć się, jak "podobne" są. Ale nie znam żadnej metody, aby ... takie jak cor_cophenetic, cor_bakers_gamma oraz Bk / Bk_plot. Oraz funkcję tanglegram do wizualnego porównywania dwóch drzew.
Dendrogram etykiet i kolorów liści
Próbuję stworzyć dendrogram, jeśli moje próbki mają 5 kodów grupowych (działają jako nazwa próbki/gatunek/etc, ale jej powtar ... t;- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25)) # fixed error
sample2 <- data.frame(cbind(groupCodes), sample)